Latar belakang penyebaran wabak HFMD di Malaysia dilaporkan pertama kali di negeri Sarawak pada 1997 di mana jumlah dari 28-31 kanak-kanak mati akibat daripada jangkitan virus Enterovirus 71 (EV-A71).[6][7] Sejak itu, wabak kitaran berulang HFMD di negara ini berlaku setiap dua hingga tiga tahun. Satu lagi faktor yang meningkatkan penyebaran HFMD di kalangan kanak-kanak ialah melalui perjalanan ke negara-negara jiran yang mempunyai jangkitan HFMD yang tinggi walaupun penyebab utama penyakit berulang masih menjadi misteri di negara ini.[7] Melalui bedah siasat yang dijalankan pada kanak-kanak yang meninggal dunia, kematian mereka disebabkan oleh beberapa gejala yang dikaitkan dengan penyakit seperti perfusi periferal lemah, takikardia dan kegagalan jantung.[7] Kanak-kanak juga pernah mengalami gejala seperti kejutan, pucat, dingin melampau, penulenan kapilari yang terlambat dan denyutan periferal yang lemah.[7] Pada tahun 1998, Kementerian Kesihatan mengakui penyakit tersebut adalah endemik di negara ini dengan wabak berkala di kalangan kanak-kanak. Sejak wabak pertama, Kementerian Kesihatan telah mengarahkan penutupan secara berkala setiap tadika dan sekolah yang terjejas di mana ia mungkin menjadi kawasan sumber penyakit itu. Wabak seterusnya dengan 1,178 kes di mana kebanyakannya berlaku di tadika dan pusat asuhan dilaporkan di negeri Johor pada tahun 2000 berikutan wabak di negara jiran Singapura sebulan sebelumnya.[7]